Василий Эдуардович Чубенко родился 6 сентября 1971 года в селе Большая Мартыновка Мартыновского района Ростовской области в семье рабочего. Русский.
С раннего детства жил с семьёй в городе Белая Калитва Ростовской области. Окончил среднюю школу в 1988 году.
С августа 1988 года – в Вооружённых силах СССР. Поступил тогда же в Бакинское военное общевойсковое командное училище. В 1991 году в связи с его расформированием был переведён в Орджоникидзевское высшее общевойсковое командное училище и успешно окончил его в 1992 году. Был направлен во Внутренние войска Министерства внутренних дел (МВД) Российской Федерации. Проходил службу в 100-й дивизии оперативного назначения Северо-Кавказского округа Внутренних войск МВД РФ (пункт дислокации – город Новочеркасск). Командовал разведвзводом, с 1995 года – разведротой.
Участник ликвидации осетино-ингушского межнационального конфликта (1992–1993).
Геройски воевал в период первой чеченской войны 1994–1996 годов. Например, в бою 14 января 1995 года у Бамута, будучи командиром боевого охранения колонны, при попадании её в засаду обеспечил отражение боевиков массированным огнём и прорыв колонны из зоны вражеского огня без потерь. В бою 20 марта 1995 года лично подавил огневую точку врага и захватил в плен двоих вооружённых боевиков. Участвовал в боях у Самашек, Орехова, Асиновской, в Урус-Мартановском и Ачхой-Мартановском районах.
С 1996 г. - начальник разведки полка Внутренних войск (ВВ).
2000 г. - окончил Общевойсковую академию Вооружённых сил Российской Федерации (бывшая Военная академия имени М. В. Фрунзе), факультет пограничных и внутренних войск (группа подразделений разведки и специального назначения). Неоднократно выезжал в командировки для участия в боевых действиях против вооружённых бандформирований в период второй чеченской войны. За боевые отличия уже в 33 года Василию Чубенко было присвоено воинское звание полковник. Занимал должность заместителя начальника разведки Северо-Кавказского округа ВВ МВД.
С 2005 г.– начальник разведки Московского округа ВВ МВД.
С декабря 2004 года вновь находился на Северном Кавказе, был начальником штаба оперативной группы ВВ по Республике Дагестан. Лично организовал и провёл 22 спецоперации, в ходе которых уничтожено и захвачено несколько десятков террористов и боевиков, изъято большое количество вооружения и взрывчатки, предотвращены крупные террористические акты.
26 июля 2005 года одна из бандгрупп устроила взрыв фугаса в дагестанском городе Хасавюрт. Прибыв на место преступления, полковник Чубенко организовал охрану и инженерную разведку местности, в ходе которой были выявлены ещё два готовые к взрыву фугаса. Таким образом, сорвался расчёт террористов на гибель большого количества людей, которые по их планам неминуемо должны были собраться на месте первого взрыва. Вместе с тем Василий Чубенко приказал перекрыть ведущие из города дороги, чтобы отрезать боевикам пути отхода. Сам прибыл на трассу Хасавюрт – Ленинаул.
И здесь расчёт разведчика оправдался полностью – терористы решили прорываться из города именно по этой трассе. Вечером того же дня они на легковой машине попытались с боем прорваться через заслон. Ответным огнём бойцов Внутренних войск автомобиль был повреждён, один террорист убит на месте, второй получил ранения и скрылся в ближайшем селе, но вскоре обнаружен и арестован. Третий террорист залёг в придорожной лесополосе и отбивался автоматным огнём и гранатами, пытаясь продержаться до темноты и скрыться. Приказав бойцам держать его под плотным огнём, Василий Чубенко ползком обогнул позицию террориста. Однако когда он уже привстал, чтобы броситься на врага, тот успел повернуться и выпустить автоматную очередь в упор. Получивший несколько ранений полковник всё-таки сумел сделать несколько шагов, навалиться телом на противника и удерживать его оружие, не давая продолжать стрельбу. Подоспевшими бойцами террорист был пленён. Василий Чубенко был без сознания доставлен в ближайшую больницу. Однако ранения оказались смертельными, и на следующий день мужественный офицер скончался.
Похоронен на Востряковском кладбище, Москва
1 октября 2005 г. Указом Президента России присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно) "за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе"
Полковник
Государственные награды:
медаль Героя Российской Федерации № 861
орден Мужества
орден "За военные заслуги"
медали
Память:
памятник в Музее Центрального округа Федеральной службы войск национальной гвардии
Его имя присвоено подшефному Росгвардии кадетскому классу московской школы №1420 и классу общеобразовательной школы в городе Белая Калитва (Ростовская область), в которой он учился.
Транспортно-боевому вертолёту Ми-8МТВ-2 отдельной авиационной эскадрильи Центрального округа Росгвардии присвоено почётное наименование "Герой России Василий Чубенко" (2021).