Алексей Валерьевич Шишко родился в 1969 году в г. Нальчик Кабардино-Балкария.
1991 г. - окончил Ростовское высшее военное командное инженерное училище ракетных войск им. Главного маршала артиллерии И.М. Неделина, квалификация "Инженер-кибернетик"
В 1986–1992 годах проходил службу в Вооруженных Силах СССР – Российской Федерации, в 1993–2003 годах в ФСНП России.
2003 г. - окончил Российскую академию государственной службы при Президенте Российской Федерации, квалификация "Юрист".
В 2003–2007 годах был прикомандирован и занимал руководящие должности Аппарата Государственной думы Федерального Собрания Российской Федерации, с оставлением в кадрах МВД России.
В 2007–2011 прошел путь от начальника управления до заместителя начальника Департамента экономической безопасности МВД России.
В 2012 году назначен на должность первого заместителя начальника Департамента делопроизводства и работы с обращениями граждан и организаций МВД России - начальника аппарата Министра внутренних дел Российской Федерации.
Указом Президента Российской Федерации от 12 июня 2013 года № 556 присвоено специальное звание генерал-майор внутренней службы.
27 декабря 2017 года указом Президента Российской Федерации назначен на должность начальника ЭКЦ МВД России, с присвоением специального звания генерал-майор полиции.
Женат, имеет дочь и сына.
Генерал-лейтенант полиции (2019)
Кандидат экономических наук.
Государственные награды:
медаль ордена "За заслуги перед Отечеством" 2 степени,
Ведомственные награды:
нагрудным знаком "Почетный сотрудник МВД России"
медаль "За доблесть в службе"
медаль "За укрепление международного полицейского содружества"