В 2005 году губернатор Ростовской области Владимир Чуб подписал указ о возрождении футбола в Ростовской области и потребовал у мэров крупных городов восстановить футбольные команды.
В начале 2006 г. было решено возродить в городе команду мастеров под названием "Таганрог"
ФК "Таганрог" был образован 2 февраля 2006 года.
Домашние матчи проводил на стадионе "Торпедо"
Учредителями клуба стали МУП "Таганрогэнерго", ОАО "ТКЗ Красный котельщик" и Комитет по управлению имуществом г. Таганрога. Был обнародован бюджет в 20 миллионов рублей. Камнем преткновения оставался стадион "Торпедо", который находился в собственности компании "Дижен", но после ряда переговоров её учредитель А. Денисов согласился безвозмездно передать стадион в муниципальную собственность. После этого мэр города и по совместительству президент ФК "Таганрог" Николай Федянин отправил запрос в ПФЛ о включении ФК "Таганрог" в ПФЛ. Согласие было получено, и в феврале 2006 года ФК "Таганрог" стал членом ПФЛ.
Первый матч прошёл 9 апреля 2006 года в Краснодаре, где ФК "Таганрог" победил "Краснодар-2000" - 4:1. Место главного тренера клуба по ходу сезона занял Павел Гусев, который сменил Анатолия Булгакова, ушедшего из-за проблем со здоровьем. Сезон 2006 года ФК "Таганрог" завершил на 14-м месте.
Второй в истории сезон ФК "Таганрог" закончил на 7-м месте, тем самым повторив результат "Торпедо" (Таганрог) 1997 года. В первом круге футболистам таганрогской команды удалось попасть в группу лидеров. Игрок клуба Георгий Смуров забил 15 мячей и поделил 4-5 место в списке бомбардиров зоны "Юг".
В сезоне 2008 года ФК "Таганрог" финишировал на 12 месте. Лучшим бомбардиром команды с 9 забитыми мячами стал
В сезоне 2009 года ФК "Таганрог" занял последнее 18 место. Решением ПФЛ от 25 ноября 2009 года ОАО ФК "Таганрог" был исключен из ПФЛ.
28 января 2010 г. принят в ПФЛ
В сезоне 2010 занял 15 место.
В сезоне 2011-12 занял 13 место.
В сезоне 2012—2013 у команды появился производитель формы JAKO (Германия)
В сезоне 2012\\2013 футбольный клуб "Таганрог" занял 6-место в первенстве России среди команд второго дивизиона зоны Юг, таким образом это стало лучшим результатом в истории команды с 2006 года.
1 июля 2015 г. было объявлено, что клуб, финансировавшийся только из областного и городского бюджетов, в связи с непростой экономической ситуацией в сезоне 2015/16 участия не примет. Команда была расформирована.
