В январе 1993 года на базе Управления внутренних войск по Северному Кавказу и Закавказью был создан Северо-Кавказский округ внутренних войск МВД России.
Первоочередной задачей, которая была поставлена перед округом с самого начала его формирования - обеспечение общественного порядка и общественной безопасности граждан Российской Федерации в Северо-Кавказском регионе.
Военнослужащие округа участвовали в устранении последствий осетино-ингушского конфликта 1992 года, в восстановлении конституционного порядка на территории Чечни в 1994-96 гг. Выполняли боевые задачи в ходе проведения контртеррористической операции на территории Северо-Кавказского региона - в Дагестане и Чечне в 1999-2003 гг.
с 1 января 2008 г. управление округа преобразовано в Северо-Кавказское региональное командование внутренних войск МВД России.
3 сентября 2016 года на основании Указа Президента России от 5 апреля 2016 года №157 о создании войск национальной гвардии Российской Федерации Северо-Кавказское региональное командование внутренних войск МВД России преобразовано в Северо-Кавказский округ войск национальной гвардии Российской Федерации.
Военнослужащие округа оказывали помощь в ликвидации последствий стихийного наводнения в 2002 г. в Ставропольском и Краснодарском краях, в 2010 году в тушении пожаров в Волгоградской области, участвовали в ликвидации последствий наводнения в июне 2012 года в г. Крымске (Краснодарский край).
В 2014 г. военнослужащие Северо-Кавказского округа выполнили поставленные задачи по охране общественного порядка и обеспечению общественной безопасности во время проведения XXII Олимпийских и XI Паралимпийских игр в г. Сочи.
В 2017 г. военнослужащие и сотрудники округа приняли активное участие в ликвидации последствий крупномасштабных пожаров в Ростовской и Волгоградской областях, а так же выполнили задачи по охране общественного порядка и обеспечению общественной безопасности во время проведения Кубка конфедераций 2017 — восьмого футбольного турнира среди национальных сборных, проводимых под эгидой ФИФА, XIX Всемирного фестиваля молодёжи и студентов, прошедших в г. Сочи Краснодарского края.
По решению Президента России Северо-Кавказский округ войск национальной гвардии Российской Федерации в результате реформирования переименован в Южный округ войск национальной гвардии с местом дислокации г. Ростов-на-Дону.
